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低溫等離子體滅菌時間短
等離子滅菌器是一款綠色安全環保型的滅菌器 ，是目前國內針對滅菌設備當中技術含量很高的滅菌消毒設備，滅菌時間為45分鐘,但市場價格也更貴。比較適合公立醫院，而環氧乙烷滅菌器是利用環氧乙烷氣體來滅菌的，滅菌時間為3-5小時，大型環氧乙烷滅菌器，滅菌時間要9個多小時。
EO滅菌效果好，但有殘留EO氣體
等離子環保，成本貴，EO滅菌徹底，但有一定毒殘留，需要嚴格控制，像口罩必須進行排殘處理。EO滅菌必須符合國家要求的滅菌標準。
低溫等離子滅菌沒有EO滅菌使用范圍廣
EO由于其極強的穿透性，可用于各種難易部位的滅菌。而過氧化氫等離子低溫滅菌器則有其局限性，布類及紙類包裝材料可吸收過氧化氫滅菌劑，不可使用紙類及棉布類的包裝材料；滅菌物品中不可有任何含有木質紙漿的物品，以及由含纖維素的材料制成的物品。
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