用45—48℃的無菌水把專用藥溶解，再用循環泵把溶液泵入器械腔內部和清洗盤內循環，使藥液與清洗干凈的器械腔內外表面充分接觸至指定時間，達到器械完全滅菌狀態。
然后兩次將無菌水經循環泵泵人器械腔內部和清洗盤內循環清洗，以清除器械內外表面的殘留藥液，最后用真空泵把器械腔內的水抽于。
高效的醫用滅菌器使用的滅菌劑為堿性氧化滅菌劑，其滅菌機制主要有：
一、氧化作用：
滅菌劑可直接對細菌的細胞壁蛋白質進行氧化使細胞壁和細胞膜的通透性發生改變，破壞細胞的內外物質交換的平衡，至微生物死亡。
二、破環細菌的酶系統：
當滅菌劑分子進入細胞體內，可直接作用于酶系統，干擾細菌的代謝，抑制細菌生長繁殖。
三、酸性作用：
滅菌劑的酸性可改變細胞內pH值，影響細菌的正常代謝，酸性亦可直接損傷細菌。
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